Projekt Wirtualne Muzea Małopolski był współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007–2013, Priorytet 1 Warunki dla rozwoju społeczeństwa opartego na wiedzy, Działanie 1.2. Rozwój społeczeństwa informacyjnego, oraz Województwo Małopolskie jako przedsięwzięcie realizowane przez Departament Rozwoju Gospodarczego Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego i Małopolski Instytut Kultury we współpracy z 35 muzeami z Małopolski.
Wartość projektu wynosi około 9 mln zł, dotacja ze środków UE wyniosła 85%, pozostałe 15% pochodziło ze środków Województwa Małopolskiego.
W ramach projektu utworzono Regionalną Pracownię Digitalizacji oraz portal muzea.malopolska.pl. Można na nim podziwiać ponad 700 zdigitalizowanych eksponatów większości trójwymiarowych wizerunków.
W latach 2013–2014 kontynuowano projekt „Wirtualne Muzea Małopolski Plus” ze środków Wieloletniego Programu Rządowego Kultura+ digitalizując kolejnych 120 obiektów.