Różnorodność muzeów w Polsce wymusza bardzo wnikliwą analizę zagrożeń, a następnie – adekwatnie do analizy – zastosowanie środków ochrony określonych w planie ochrony muzeum. Organizacja ochrony powinna zapewnić pieczę nad zbiorami, obiektami w każdym czasie i miejscu.
Bardzo istotne przy planowaniu organizacji ochrony jest uwzględnienie zapewnienia bezpieczeństwa zbiorów nie tylko w obszarze (obiekcie) muzeum, ale również nadzór nad ochroną depozytów przekazanych poza muzeum, jak i muzealiów wypożyczonych na wystawy czasowe do innych obiektów.
Ochrona muzeów w Polsce, powinna być organizowana zgodnie z obowiązującymi przepisami, z których wynikają dwa poziomy organizacji: ochrona kwalifikowana i ochrona podstawowa.
Ochrona kwalifikowana – zgodna z ustawą z dnia 22 sierpnia 1997 r. o ochronie osób i mienia, oraz z rozporządzeniem ministra kultury i dziedzictwa narodowego z dnia 2 września 2014 r. w sprawie zabezpieczania muzeum przed pożarem, kradzieżą i innym niebezpieczeństwem grożącym ich zniszczeniem lub utratą.
Ochrona podstawowa – zgodna z rozporządzeniem ministra kultury i dziedzictwa narodowego z dnia 2 września 2014 r. w sprawie zabezpieczania muzeum przed pożarem, kradzieżą i innym niebezpieczeństwem grożącym ich zniszczeniem lub utratą.
Zabezpieczanie zbiorów przed kradzieżą i innym niebezpieczeństwem realizuje się zawsze na podstawie planu ochrony muzeum.
Szczególną trudność może stanowić podjęcie decyzji przez dyrektora muzeum, jaki poziom ochrony należy realizować. Poza potencjalnymi zagrożeniami należy brać pod uwagę zarówno koszty ochrony, jak i uprawnienia pracowników ochrony, wykonujących zadania na różnych rodzajach służby (schemat 1. ochrona kwalifikowana) oraz na różnych stanowiskach dozoru (schemat 2. ochrona podstawowa).
Planowanie i organizacja ochrony powinny uwzględnić osoby przebywające w muzeum i infrastrukturę techniczną, ustalając właściwe uwarunkowania osobowe, nadzór i utrzymanie sprawności urządzeń technicznych, tak aby przebywające na terenie muzeum osoby oraz zgromadzone i udostępniane zbiory i obiekty były objęte spójnym systemem bezpieczeństwa. Należy rozważyć kilka wariantów organizacji zabezpieczenia muzeum, ważąc docelowe relacje między strukturą zabezpieczenia technicznego a skuteczną ochroną fizyczną przy uwzględnieniu możliwości zapewnienia stosownych środków finansowych na wykonanie zobowiązań wynikających z planu ochrony muzeum.